iPhoneからアップロードした画像をPCで表示すると思ったのと違う向きで表示されるという事象は、よく知られているように、iPhoneが本来横向きの画像にexifのorientationをかました上で縦に表示しているから発生する。
これに真面目に対応する場合は以下のようなコードを書くのが正解っぽいが、
多少サボったコードでもいいならThumbnailator (https://github.com/coobird/thumbnailator) を通してしまうのが一番楽かと思う。
Thumbnails.of(inputStream).scale(1).toFile(file);