.gitconfigのincludeは設定値をoverrideしてくれるわけではない

ので、例えば家と会社で別々のuser.name, user.emailなどを使いたい場合は.gitconfigにはそれらの情報を書かずに、

.gitconfig

[include]
    path = .gitconfig.local

.gitconfig.local for home

[user]
    name = your_handle_name
    email = nantoka@gmail.com

.gitconfig.local for office

[user]
    name = your_office_name
    email = nantoka@enterprise.demo.onajikoto.ien.no

とかすべし。

See also: http://karupanerura.hateblo.jp/entry/2012/07/19/190313

入門Git